Elle est construite au 12e siècle, à la base de l'îlot, au nord-ouest. Elle est dédiée à saint Aubert, évêque d'Avranches et fondateur de l'abbaye du Mont-Saint-Michel.
« D'après la légende, au cours des démolitions auxquelles il fit procéder pour faire disparaître les derniers monuments du paganisme gaulois, les efforts des travailleurs ayant échoué devant
un énorme menhir couronnant le sommet de la montagne, saint Aubert se serait fait amener un enfant au berceau, dont il aurait appuyé le pied sur la lourde roche qui aurait roulé incontinent au
bas de la montagne. Lorsque la voix populaire déclara saint cet évêque, on éleva sur ce point, en commémoration de ce prodige, la Chapelle, dite de Saint-Aubert, campée d'une façon si pittoresque
sur la crête d'un amoncellement de roches. »
Elle est classée monument historique depuis le 15 février 1908
En 1947, le pignon de la chapelle est couronné d'une statue de saint Aubert.