la vocation carcérale du Mont remonterait au XIIe siècle, pour les justiciables ressortissant du pouvoir de l'abbé

Lors de son pèlerinage en 1470, Louis XI visite les prisons dans les sous-sols du Mont Saint-Michel  

Louis XI fait du Mont une prison d’État, destinée aux religieux et aux exilés. Lors de sa visite suivante, en 1472, le roi amène une « fillette », cage en bois et en fer de trois mètres de côté, suspendue en l'air.

Tous les rois  successifs envoient par lettre de cachet 153 prisonniers entre 1666 et 1789 . Les deux bâtiments dits « les Exils », comptent 40 chambres fortes aux croisées grillées qui reçoivent 15 prisonniers entre 1747 et 1790, et sept chambres de maître. Lors de l'incendie du 16 août 1776, le Mont renferme 18 individus.

La Révolution française ouvre les prisons, et libère une dizaine de prisonniers d’État.

Les événements de la guerre de cent ans avaient montré la valeur militaire du Mont, alors, une forteresse royale y fut établie à demeure ,avec sa garnison et ses prisons.

Ce fut une des causes du déclin de l'Abbaye ,déclin qui dura jusqu'à la fin du XVIII siècle.

La révolution supprimant les vœux monastiques et nationalisant les biens de l'église les moines durent abandonner l'Abbaye en 1790.

Dès le mois de mai 1793 les bâtiments inoccupés depuis 3 ans sont transformés en prison.

On y enferma dans un premier temps plus de 300 prêtres réfractaires, ils furent bientôt rejoins

par des chouans et des détenus de droit commun.

Des décrets en 1811 et 1817 firent officiellement de l'Abbaye une "maison de force" on y entassa bientôt plus de 600 prisonniers de droit commun.

Sous la Monarchie de Juillet il y avait même des détenus politiques comme Barbès et Blanqui.

Cette déchéance se poursuivi jusqu'en 1863,le bâtiment était dans un état de désolation incroyable , mais  grâce à  l'opinion publique intervenue pour faire cesser cette situation scandaleuse ,le monument fut confié au service des Monuments Historiques.