la vocation carcérale du Mont remonterait au XIIe siècle, pour les justiciables ressortissant du pouvoir de l'abbé
Lors de son pèlerinage en 1470, Louis XI visite les prisons dans les sous-sols du Mont Saint-Michel
Louis XI fait du Mont une prison d’État, destinée aux religieux et aux exilés. Lors de sa visite suivante, en 1472, le roi amène une « fillette », cage en bois et en fer de trois mètres de côté, suspendue en l'air.
Tous les rois successifs envoient par lettre de cachet 153 prisonniers entre 1666 et 1789 . Les deux bâtiments dits « les Exils », comptent 40 chambres fortes aux croisées grillées qui reçoivent 15 prisonniers entre 1747 et 1790, et sept chambres de maître. Lors de l'incendie du 16 août 1776, le Mont renferme 18 individus.
La Révolution française ouvre les prisons, et libère une dizaine de prisonniers d’État.
Les événements de la guerre de cent ans avaient montré la valeur militaire du Mont, alors, une forteresse royale y fut établie à demeure ,avec sa garnison et ses prisons.
Ce fut une des causes du déclin de l'Abbaye ,déclin qui dura jusqu'à la fin du XVIII siècle.
La révolution supprimant les vœux monastiques et nationalisant les biens de l'église après la Révolution française en 1789, de nombreux monastères ont été fermés, et les moines ont été chassés du Mont.
En 1793, l'abbaye fut transformée en prison par la nouvelle république.
La Révolution a vu des milliers de prisonniers politiques enfermés, y compris plus de 300 prêtres réfractaires qui refusaient de prêter serment à la Constitution civile du clergé et ils furent bientôt rejoins par des chouans et des détenus de droit commun.
Sous Napoléon, la prison du Mont Saint-Michel devint un centre de détention pour des prisonniers politiques mais aussi pour des criminels.
L'isolement du Mont, entouré par les marées, en faisait un lieu de détention idéal, difficile d'accès et encore plus difficile à fuir.
Au XIXe siècle, la prison du Mont Saint-Michel acquiert le surnom de « Bastille des Mers » en raison de sa sécurité et de son rôle dans l'emprisonnement de plusieurs opposants politiques sous Louis-Philippe.
Plus de 14 000 prisonniers y furent enfermés, parmi eux des personnalités politiques, des journalistes, et des révolutionnaires.
Après des décennies d’utilisation comme centre de détention, la prison fut officiellement fermée en 1863, en partie à cause des protestations d’écrivains tels que Victor Hugo, qui voyait dans cet usage du Mont Saint-Michel un scandale. Hugo, et d’autres défenseurs du patrimoine, voulaient préserver ce site historique de l’usage pénitentiaire et redonner à l’abbaye son statut religieux et patrimonial.